در طب سنتی، خواص و مزاج تخم هندوانه به عنوان یکی از مغزهای گیاهی که از لحاظ خواص مشابه تخم کدو است، این گونه بیان شده است: مزاج آن سرد و تر است. موجب تعدیل حرارت بدن و تسکین خلط های گرم و آسیب رسان است. به عنوان مثال در تب‌های گرم که بدن از شدت حرارت دچار تحلیل و ضعف می‌شود، تخم هندوانه قادر است حرارت را مهار کرده و تب را کاهش دهد. از خواص دیگر تخم هندوانه تاثیر آن در چاقی و افزایش وزن افراد با مزاج گرم و خشک است. تخم هندوانه رطوبت بخش است و باعث رفع خشونت سینه می‌شود. در بهبود سرفه‌های گرم می‌توان از تخم هندوانه در مصارف مختلف استفاده کرد. مصرف آن همچنین در بهبود تشنگی و تب‌های گرم مفید است. زخم روده و مثانه را بهبود می‌بخشد. تخم هندوانه باعث خارج شدن سنگ‌های کلیه، مثانه و کیسه صفرا می‌شود.