یکی دیگر از مزایای عسل بابونه،مفید درد معده است. این به خاطر وجود خواص ضد التهابی در آن است. همچنین بر اساس تحقیقاتی دریافتند که عسل بابونه به عنوان محرک مهم گوارشی ارزشمند است و برای درمان اختلالات مختلف دستگاه گوارش از جمله مسمومیت، سوء هاضمه، اسهال، بی اشتهایی، و حالت تهوع مفید است